Bereits 1994 wird die Schließung des Flughafens im Flächennutzungsplan vorweggenommen; hier sollen Parks und Wohnanlagen entstehen. 1996 dann die offizielle Entscheidung: Berlin, Brandenburg und Bund beschließen als Gesellschafter den Bau des Flughafens Berlin Brandenburg International (BBI), der in Schönefeld gebaut werden soll. Tegel und Tempelhof sollen im Gegenzug geschlossen werden. Es ist der Startschuss für ein jahrelanges politisches und juristisches Gezerre um Tempelhof.
Fluggesellschaften, Bürgerinitiativen und auch Teile der Politik stemmen sich gegen das Ende des Flughafens. Die "Interessengemeinschaft City-Airport Tempelhof" initiiert 2006 ein erfolgreiches Volksbegehren. Doch der Volksentscheid "Tempelhof bleibt Verkehrsflughafen!" verpasst das Quorum: Nur 21,7 Prozent der Berliner stimmen ab (davon 60 Prozent für den Weiterbetrieb). Das reicht nicht. Rund 530.000 Berliner votieren für die Offenhaltung, 610.000 Stimmen wären nötig gewesen.
Die vom Senat geplante Schließung zum 30. Oktober 2004 wird auch von mehreren Tempelhofer Fluggesellschaften juristisch zunächst verhindert. Nach langem Hin und Her und mehreren Verschiebungen des Schließungsdatums entscheidet am Ende das Oberverwaltungsgericht - im Sinne des Berliner Senats.
Am 30. November 2008, kurz vor Mitternacht, heben ein "Rosinenbomber" und eine "Tante Ju" von Tempelhof ab - offiziell als letzte Flugzeuge. Doch bis zum 24. November starten noch mehrere private Kleinflugzeuge. Ihre Eigentümer hatten sie nicht rechtzeitig weggeschafft.