Nach der Ausbildung zum Land- und Forstwirt übernahm er das väterliche Gut in Lübbenau. 1930 musste Wilhelm mit seiner Frau Ilse und den sechs Kindern nach Schloss Seese umziehen, da er den Unterhalt für Schloss Lübbenau nicht mehr aufbringen konnte. Graf Wilhelm war in Lübbenau sehr beliebt:

"Er ist nicht nur bei jedem Schützenfest der Gegend dabei - er hat auch allen Pächtern, deren Land bei der letzten großen Ueberschwemmung gelitten hat, jeden Pachtzins erlassen. Gutmütig und - weitsichtig. Denn alle Pächter waren drauf und dran, die Pacht aufzukündigen und abzuwandern." (Kieler Zeitung 1929).

Wie gut Graf Wilhelms Frau Ilse informiert war, wissen die Nachfahren nicht - sie sprach nie über diese Zeit. Den Kindern, so erinnert sich Guido Graf zu Lynar heute, war bewusst, dass sie sich bestimmten Erwachsenen gegenüber vorsichtig äußern mussten. Vor einer Schwester des Vaters, die glühende Naziverehrerin war, mussten sie schweigen.

Am 29. September 1944 verurteilte Roland Freisler, Präsident des Volksgerichthofes, Wilhelm Graf zu Lynar zum Tode. Noch am selben Tag wurde er in Berlin-Plötzensee gehängt, die Familie von den Nazis enteignet. Die Ehefrau erfuhr vom Tod ihres Mannes per Postkarte, anschließend wurden sie und ihre Kinder durch die SS überwacht.  In einem letzten Brief an seine Frau schrieb Graf zu Lynar:

"Dass ich Dich nicht mehr sehen durfte ist unbarmherzig, grausam und hart. Was ich Dir schreibe, ist in größter Schärfe Wirklichkeit geworden. Gott der Herr mag wissen, warum. Mein Gott, mein Gott warum hast du mich verlassen! (…) In wenigen Stunden bin ich wohl erlöst, dann wird Gott der Herr mich richten. Ihm befehle ich alles... Bis in den Tod und ewig Dein W.".

Graf Wilhelms Witwe wohnte bis 1953 auf Schloss Seese. Als sie in eine einsame Gegend nahe der polnischen Grenze umgesiedelt werden sollte, ging sie nach Westdeutschland, wo die übrige Familie bereits lebte.

Besonders Rochus Graf zu Lynar ist es wichtig, dass sein Großvater Wilhelm nicht überhöht wird - er sei kein Held wie beispielsweise die Geschwister Scholl gewesen, mit denen man sich als "normaler" Mensch nur schwer identifizieren könne. Wilhelm habe einen kleineren und doch wichtigen Beitrag geleistet.