Intestinale Enterokokken sind eine Untergruppe einer größeren Gruppe von Organismen, die als Fäkal-Streptokokken bezeichnet werden. Intestinale Enterokokken werden normalerweise über die Fäkalien des Menschen oder anderer warmblütiger Tiere ausgeschieden. Zudem sind sie in großer Zahl in Abwässern und durch Abwasser verschmutzen Gewässern sowie Abfallprodukten von Menschen und Tieren zu finden, daher ist die Gruppe der Kokken häufig ein Indikator für Verunreinigungen durch Fäkalien.

Die Anzahl der über die menschlichen Fäkalien ausgeschiedenen intestinalen Enterokokken liegt normalerweise in einer Größenordnung unter der Anzahl der E. coli. Andererseits überleben sie oft länger in Wassermilieus als E. coli.